Enserrée en une boucle que forme le Doubs, Besançon s’établit au pied de la colline où est bâtie la citadelle de Vauban, dans un exceptionnel site défensif. Les contraintes géographiques de ce site ont modelé au cours des siècles l’implantation de la ville qui est tour à tour place forte militaire, ville de garnison, centre politique et capitale religieuse. La première occupation s’établit dans le méandre de la rivière. A l’époque gauloise, les habitations sont principalement situées dans la partie est de la "boucle".   Choisie par Jules César en 58 avant J.-C. dans un but stratégique, la ville a dès cette époque des fonctions complexes: carrefour d’échanges de la Gaule romaine, citadelle militaire, capitale de la tribu gauloise des Séquanes. Du Ier au IIIe siècle, le seul accès connu à la cité est le pont Battant édifié par les Romains. A la suite de troubles graves aux IIIe-IVe siècles, une bourgade plus modeste se substitue à la grande cité gallo-romaine. Du Moyen Age à la conquête française, le développement des quartiers répartis entre habitat et institutions civiles et religieuses se fait à partir du point stratégique capital que représente le passage du Doubs au pont Battant. Le caractère défensif de la cité persiste et les premières mesures d’"urbanisme" apparaissent.   Après la conquête française de 1674, l’importance stratégique de Besançon et son essor démographique lui permettent d’accéder au statut de capitale régionale. La disparition de deux enceintes religieuses, Saint-Vincent et Saint-Paul, libère aux extrémités de la "boucle" des terrains où sont implantés de nouveaux quartiers, notamment le quartier de l’Intendance (actuelle préfecture). L’habitat, installé tout d’abord en bordure de rue, se densifie et remplit l’espace intérieur, ménageant toutefois de nombreuses cours. A l’approche de l’ère industrielle, les habitations essaiment dans les faubourgs, les derniers espaces vierges sont construits ainsi que des ponts. La mise en place des grandes voies de communication routières, ferrées et fluviales détermine un nouvel axe est-ouest autour duquel apparaissent les nouveaux quartiers urbains. L’enceinte de la ville est détruite dans les années 30 afin d’aménager la circulation dans les glacis du quartier Battant. En décembre 1994, en complément du quartier Battant, le centre-ville à l’intérieur de la "boucle" est classé secteur sauvegardé: c’est donc la totalité du centre historique de Besançon qui fait l’objet de mesures de conservation.